بیمارستانهایی که به شبکه جمع اوری فاضلاب وصل نیستند می توانند تصفیه خانه اختصاصی داشته باشند یک سیستم تصفیه فاضلاب کارآمد باید دارای واحدهای زیر باشد:

تصفیه اولیه : جهت حذف بخشی از مواد آلی و مواد جامد معلق به کار گرفته میشود.

تصفیه بیولوژیکی ثانویه : بیشتر تخم انگلها را به همراه 95-90 % باکتری ها و بخش مهمی از ویروسها به همراه لجن ته نشین شده حذف خواهند کرد . پساب خروجی از تصفیه ثانویه تقریباً عاري از عوامل بیماریزا انگلی رودها خواهد بود ولی هنوز مقادیر مهمی از باکتريها و ویروسها را به همراه خود خواهد داشت.

تصفیه تکمیلی : پساب خروجی از تصفیه ثانویه احتمالاً دارای mg/l 20 مواد معلق آلی خواهد بود که جهت گندزدایی مناسب نمی باشد. بنابراین پساب باید فرآیند تصفیه تکمیلی نظیر لاگون را طی کند. اگر زمین کافی و یا شرایط مناسب براي احداث لاگون وجود ندارد می توان صافی ماسه اي تند جهت کاهش جامدات معلق آلی به کمتر mg/l 10 استفاده کرد.

گندزدایی با کلر: جهت رساندن مقادیر میکروبی به آن حدي که در طبیعت وجود دارد پساب خروجی از تصفیه تکمیلی باید فرآیند کلرزنی تا نقطه شکست را نیز پشت سر بگذارد. گندزدایی ممکن است با دي اکسید کلر هیپوکلرید سدیم یا گاز کلر انجام گیرد. سایر گزینه هاي شامل روش هایی نظیر استفاده از اشعه ماوراء بنفشمی باشد. گندزدایی پساب خروجی به ویژه در نقاطی که پساب به مناطق ساحلی وارد میگردد که محل زیست سخت پوستان میباشد و مردم منطقه عادت به خوردن سخت پوستان به صورت خام دارند با دقت و نظارت بیشترضروري تر می باشد.

تصفیه لجن : لجن ناشی از تصفیه فاضلاب جهت اطمینان از حذف بیشتر عوامل بیماری زا نیازمند هضم بی هوازي است. یک روش جایگزین جهت بی خطرسازي لجن حاصل، خشک کردن و سپس سوزاندن آن به همراه زایدات عفونی می باشد. تصفیه فاضلاب بیمارستانی در داخل محوطه بیمارستان سبب تولید لجن خواهد شد که داراي مقادیر زیادي تخم انگل و سایر عوامل بیماریزا می باشد.

استفاده مجدد از فاضلاب و یا لجن حاصل از تصفیه فاضلاب

براساس رهنمود سازمان جهانی بهداشت فاضلاب تصفیه شده اگر قرار است بدون محدودیت براي کشاورزي استفاده گردد نباید بیش از یک تخم انگل به ازاء یک لیتر و بیش از 1000 کلیفرم مدفوعی در ml 100 فاضلاب تصفیه شده داشته باشد. ضروري است که لجن تصفیه شده بیش از یک تخم انگل به ازاء هر کیلوگرم و بیش از 1000کلیفرم مدفوعی به ازاء هر 100 گرم نداشته باشد. لجن مورد استفاده باید در داخل ترانشه هاي مخصوص پرگردد و سپس با خاك پوشانده شود.